Por una serie de razones, las estimaciones cuantitativas específicas de los costos de mitigación se caracterizan por importantes diferencias e incertidumbres. La estimación de costos difiere debido a: a) la metodología utilizada en el análisis, y b) los factores e hipótesis subyacentes incorporadas en el análisis. Las simulaciones de abajo arriba incorporan estudios detallados de los costos de ingeniería de una amplia variedad de tecnologías disponibles y previstas, y describen con todo detalle el consumo de energía. Sin embargo, utilizan normalmente relativamente poca información sobre el comportamiento del consumidor en temas no relacionados con la energía y las interacciones con otros sectores de la economía. Los costos estimados por los enfoques de abajo arriba pueden variar desde valores negativos (debido a la incorporación de opciones de “medidas útiles en todo caso”) a valores positivos. Los costos negativos indican que los beneficios energéticos directos de una opción de mitigación superan sus costos directos (costos netos de capital, explotación y mantenimiento). Sin embargo, los obstáculos de mercado e institucionales pueden impedir, retrasar o encarecer la adopción de estas opciones. La inclusión de los costos de aplicación y de políticas se añadiría a los costos estimados por las simulaciones de abajo arriba.

Las simulaciones de arriba abajo son simulaciones agregadas de la economía que a menudo se basan en el análisis de tendencias y relaciones históricas para predecir las interacciones de gran escala entre sectores de la economía, especialmente las interacciones entre el sector de la energía y el resto de la economía. Las simulaciones de arriba abajo incorporan normalmente poca información sobre el consumo de energía y los cambios tecnológicos. Los costos estimados por las simulaciones de arriba abajo normalmente varían entre cero y valores positivos. Ello se debe a la hipótesis de que en los escenarios de referencia y en los de políticas se adoptan las opciones sobre costos estimadas en las simulaciones de abajo arriba. Este es un factor importante a la hora de evaluar las diferencias de las estimaciones en estos dos tipos de simulaciones.

La incorporación de algunos factores llevará a unas estimaciones de costos menores, y la incorporación de otros, a estimaciones mayores. La incorporación de múltiples gases de efecto invernadero, sumideros, cambios técnicos inducidos y el comercio de derechos de emisiones pueden reducir los costos. Además, los estudios sugieren que en algunas fuentes de emisiones de gases de efecto invernadero se puede limitar el costo social a cero o negativo, en la medida en que las políticas aprovechen las oportunidades de medidas útiles en todo caso, tales como la corrección de imperfecciones de mercado, los beneficios secundarios, y el reciclado eficaz de los ingresos fiscales. La cooperación internacional que facilite una reducción económica de las emisiones puede reducir los costos de mitigación. Por otra parte, si se toman en cuenta los macroimpactos potenciales a la economía a corto plazo, las limitaciones sobre el uso de mecanismos de mercado nacionales e internacionales, los altos costos de las transacciones, la inclusión de costos suplementarios y medidas ineficaces en el reciclado de impuestos, ello puede aumentar los costos estimados. Como ningún análisis incorpora todos los factores de importancia que afectan a los costos de mitigación, los costos estimados pueden no reflejar los costos reales de la aplicación de medidas de mitigación.