由于各种原因，减排成本的定量估计总是被重大的差别和不确定性所包围。成本估计的差别源自于(a)分析所采用的方法，(b)分析过程中隐含的因素和假设。自下而上的模型结合对现有和预期的广泛技术的工程成本的详细研究，很详细地描述能源消费。然而，它们一般相对较少地包含非能源消费者的行为及与其他经济部门的相互作用。自下而上模型估计的成本可以从负（由于采用无悔选择）到正。负成本表示减排选择的直接能源效益超出其直接成本（净投资、运行和维护成本）。市场和机构障碍会对采用这些选择产生阻止、推迟或增加成本的作用。包含实施和政策的成本将增加自下而上模型估计的成本。

　　自上而下的模型是经济集约模型，通常从对历史趋势和关系的分析来预测经济部门之间的大规模相互作用，特别是能源部门的其余经济部门的相互作用。自上而下模型一般相对较少地包含能源消费和技术变化。自上而下模型的成本估计通常从零到正。这是因为在自下而上模型中估计出的负成本选择假定在基准情景和政策情景中被采用了。这是两类模型估计有差别的重要因素。

　　隐含某些因素将导致较低的成本估计，而另一些因素将导致较高的估计。包括多种温室气体、吸收汇、衍生的技术改变、排放贸易能够得到较低的成本。另外，研究建议某些温室气体的排放可以以零或负成本得到限制，其前提时利用政策，如纠正市场干预、计算附带效益和有效的税收再分配来创造无悔的机会。推动经济有效减排的国际合作能降低减排成本。另一方面，计入对短期宏观经济冲击的可能性、在利用国内和国际市场机制方面的约束、较高的交易成本，包括附带成本、低效税收再分配将得到较高的成本估计。因为没有一个分析包含影响减排成本的所有相关因素，成本估计将可能不反映进行减排行动的实际成本。