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第二次评估报告以来，研究未来气候变化影响的方法和工具得到了改进，包括：强调应用过程模式、完善气候变化情景、精确社会经济基准数据和时间和空间尺度上的高分辨率（以及提高时空分辨率）。每一大陆上的国家研究和区域评估已经检验了各种模式和工具的各种衔接。初级影响模式已经链接于全球系统模式。虽然在许多评估中通常为首次评估，但都包括了适应性方面的内容
方法论的欠缺仍然存在，并涉及到气候变化的尺度、数据、验证、适应性和人为因素的整合等方面。评估区域和局地脆弱性及长期适应战略的过程需要高分辨率（精度）的评价、尺度之间联接的方法论，使用新的相应的数据库的动力模型，另外还缺乏各种不同尺度的验证。区域内跨部门的综合评估需要考虑脆弱性与局地或区域发展的关系。评估对极端事件脆弱性的方法和工具已经得到改进，但在气候变化情景及对主要气候异常的影响模型的敏感性方面可信度依然很低。为此，需要认识和综合全球变化的更高一层次的经济影响和其它人为因素；在许多领域，优化选择适应措施的适应模型和脆弱性指标仍处于初级开发阶段；这需要改进促使利益相关者参与评估的方法。[2.3]
综合评估是从自然科学到社会科学不同学科之间知识的结合、阐述和交流的过程，以研究和认识复杂系统内部和系统之间的关系。这种评估所使用的方法包括计算机辅助模拟、情景分析、模拟尝试和共享的综合评估，以及基于现有的经验和专门知识的定性评估。第二次评估报告以来，无论是全球的还是区域的综合评估，还是在开发和应用这些方法方面，均取得了显著进展。
到目前为止，综合评估模型的进展主要集中在全球或区域尺度上的减缓气候变化问题，气候变化影响、脆弱性和适应性问题则在其次。因此，需要加强发展评估脆弱性的方法，特别是在已经感受到气候变化的影响并采取了响应措施的国家尺度及其较小尺度上；还需要发展明确地方法，包括适应性和适应能力、具有明确的特殊用途的方法。[2.4]
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